Esta Sección del Fondo, comprende las investigaciones o trabajos realizados por José Pablo Martín, tanto en Filosofía y Teología, así como en Derechos Humanos. En las cajas recibidas por la Biblioteca Horacio González, se encuentran manuscritos escritos prolijamente en lápiz o tinta, con sus apuntes y notas (sobre Platonismo, Aristotelismo, Hermenéutica, Judaísmo o Patrística), así como documentación mecanografiada o impresa con esquemas, listados, borradores y reflexiones en los “papeles auxiliares” de su obra sobre Filón de Alejandría, la historia comparada de las religiones o los orígenes de la guerrilla y las “Entrevistas MSTM”.
El propio productor, refiere la relación de estas tareas en el prólogo de su libro sobre el “Movimiento de Sacerdotes para el Tercer Mundo, un debate argentino”. Menciona que ni bien llegó al país en julio de 1970 , tras haber estado en Europa estudiando las ideas de la época de Constantino y el concepto del Espíritu en los orígenes cristianos, le sugirieron que aplicara ese conocimiento a la realidad de la Argentina de ese entonces. Tres años después, inició su investigación sobre el tema, en el marco de la historia global del cristianismo. Durante 20 años realizó entrevistas tanto a miembros de la agrupación argentina, como a quienes debatían al respecto. Se trató de un estudio de gran amplitud, que tuvo que dejar en pausa en varias ocasiones y que le representó complejidades que no le habían deparado los conflictos teológico-políticos de las épocas antiguas: “La invitación de la Fundación Humboldt y la Universidad de Mainz me devolvió a los estudios de documentos antiguos, cuyas persistentes polémicas me siguieron llegando a través de confortables bibliotecas alemanas; estudios que pude continuar en la Argentina, parcialmente sostenido por el Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET).”