El fondo cuenta con la documentación producida por el intelectual argentino durante sus misiones y funciones profesionales. Las mismas abarcan desde la investigación del mundo griego hasta la docencia universitaria, pasando por su labor referida a la indagación de las relaciones entre religión y política del Movimiento de Sacerdotes para el Tercer Mundo (MSTM), que reconstruye el marco general de la época comprendida entre mediados de la década del ‘60 y ‘70. Aporta una mirada de conjunto de la naturaleza social y política en el clero, el marxismo y las discusiones internas sobre el peronismo.
Se trata en mayor medida de carpetas dentro de las cuales aparecen indistintamente documentos de variados tipos, con información relacionada entre sí. Algunos están mecanografiados y los del último período redactados e impresos desde computadora. Muchos cuentan con copias en diversas etapas de redacción o con correcciones manuscritas. Es notoria la prolijidad de sus notas y borradores (escritos en lápiz negro o bolígrafo), los que son legibles y casi sin tachaduras. En cambio, los textos impresos (bibliografía consultada o de su propia autoría), si muestran correcciones, tachones y agregados (muchas veces en fibra o marcador). También aparecen agrupaciones de textos de congresos y eventos de carácter cultural en los que participó como expositor, organizador o presidente de mesa, planes de estudio de su etapa como docente universitario, borradores de traducciones, bocetos para revistas en las que colaboró, publicaciones que compiló, bibliografía sobre los temas que estudió, colecciones bibliográficas y hemerográficas, literatura griega y ejemplares de sus obras publicadas. Además, correspondencia y datos compilados para reportajes, se suman a fotografías, libretas de informantes, reportes, dibujos y fichas que relacionan la documentación acopiada para cada investigación.

Esta Sección del Fondo, comprende las investigaciones o trabajos realizados por José Pablo Martín, tanto en Filosofía y Teología, así como en Derechos Humanos. En las cajas recibidas por la Biblioteca Horacio González, se encuentran manuscritos escritos prolijamente en lápiz o tinta, con sus apuntes y notas (sobre Platonismo, Aristotelismo, Hermenéutica, Judaísmo o Patrística), así como documentación mecanografiada o impresa con esquemas, listados, borradores y reflexiones en los “papeles auxiliares” de su obra sobre Filón de Alejandría, la historia comparada de las religiones o los orígenes de la guerrilla y las “Entrevistas MSTM”.
El propio productor, refiere la relación de estas tareas en el prólogo de su libro sobre el “Movimiento de Sacerdotes para el Tercer Mundo, un debate argentino”. Menciona que ni bien llegó al país en julio de 1970 , tras haber estado en Europa estudiando las ideas de la época de Constantino y el concepto del Espíritu en los orígenes cristianos, le sugirieron que aplicara ese conocimiento a la realidad de la Argentina de ese entonces. Tres años después, inició su investigación sobre el tema, en el marco de la historia global del cristianismo. Durante 20 años realizó entrevistas tanto a miembros de la agrupación argentina, como a quienes debatían al respecto. Se trató de un estudio de gran amplitud, que tuvo que dejar en pausa en varias ocasiones y que le representó complejidades que no le habían deparado los conflictos teológico-políticos de las épocas antiguas: “La invitación de la Fundación Humboldt y la Universidad de Mainz me devolvió a los estudios de documentos antiguos, cuyas persistentes polémicas me siguieron llegando a través de confortables bibliotecas alemanas; estudios que pude continuar en la Argentina, parcialmente sostenido por el Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET).”